El I.E.S. Gil de Junterón comenzó su andadura en el curso 1998/99, inaugurando sus instalaciones el 15 de diciembre de 1998, contando con la presencia en dicho día de la ministra de Educación D.ª Esperanza Aguirre y del alcalde de Beniel, D. José Manzano Aldeguer. El primer director fue D. Sebastián Campillo Frutos. Para su construcción se contó con una inversión de 297 millones de pesetas. En el curso 2009/10 se llevó a cabo una ampliación de sus instalaciones, por importe de 900.000 euros, dotando al centro de un salón de actos y 8 nuevas aulas destinadas, mayormente, a Bachillerato y Formación Profesional.
En la actualidad (curso 2022/23) se encuentran matriculados unos 825 alumnos/as aproximadamente, que reciben docencia directa de unos 73 profesores/as, impartiéndose en el Centro ESO, Bachillerato y Formación Profesional, en sus ramas de FP Básica de Servicios Comerciales, Grado Medio de Actividades Comerciales y Grado Superior de Transporte y Logística, en sus modalidades de Dual y Bilingüe-Dual.
